Биоинформатик (контроль качества данных NGS)

Оплата не указана

Вакансия находится в архиве

ФГБУ ЦСП ФМБА России

Стрешнево

и еще 1 станция

г. Москва

Требуемый опыт работы

От 1 года до 3 лет

Тип занятости

Полная занятость

График работы

Полный день

Отдел системной биологии и биоинформатики ФГБУ «ЦСП» ФМБА России ищет биоинформатика с опытом работы с NGS-данными, знанием биологии и генетики, пониманием этапов анализа и обработки полногеномных данных (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов).

Наш отдел выполняет научные исследования в области биоинформатики, разрабатывает пайплайны для обработки и анализа данных WGS, а также проводит научно-медицинские исследования и методические работы. Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.

Мы будем рады видеть в наших рядах инициативных и ответственных коллег, которые заинтересованы в получении результата.

Обязанности

  • Разработка и внедрение критериев контроля качества на разных этапах работы с данными WGS;
  • Работа с большими базами данных с биологической и клинической информацией: парсинг, статистический анализ данных, визуализация;
  • Интерпретация и сопоставление полученных результатов запуска биоинформатических программ;
  • Разработка новых и доработка имеющихся пайплайнов для контроля качества данных с использованием таких технологий и инструментов как Docker (Nexus), Git (GitLab), Jenkins, CWL (Rabix);
  • Планирование, организация и проведение «мокрых» и «сухих» экспериментов для апробации новых метрик контроля качества NGS-данных;
  • Оформление результатов работы в публикации.

Требования

  • Знание основ биологии, генетики человека.
  • Знание технологий секвенирования следующего поколения.
  • Уверенное владение bash.
  • Владение инструментами визуализации данных с помощью Python или R.
  • Знание основных биоинформатических инструментов для контроля качества данных.
  • Понимание формата VCF, навыки работы с ним.
  • Навыки тестирования ПО.
  • Умение и желание готовить научные публикации.
  • Высшее образование.

Преимущества

  • Опыт разработки метрик контроля качества NGS-данных на всех этапах обработки и анализа (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов).
  • Опыт работы с геномными браузерами (IGV, NGB): установка, настройка, использование в работе.
  • Навыки работы с базами данных (dbSNP, ClinVar, GNOMAD, UniProt, GeneCards и т.д.) и биоинформатическими интернет-ресурсами.

Условия

  • Рабочий график: 5/2 (очно).
  • Оборудованное индивидуальное рабочее место с современным мощным ноутбуком и двумя мониторами.
  • Зарплата: обсуждается по итогам собеседования.
  • Возможно посещение конференций и других мероприятий по теме работы.
  • Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.

Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими NGS данными Вы работали, какие инструменты использовали.

Ключевые навыки

Статистический анализ
Научные исследования
Сбор и анализ информации
Статистика
Английский язык
Работа с большим объемом информации
Контроль качества

Адрес

Москва, Щукинская улица, 5с6

Контактная информация

ФГБУ ЦСП ФМБА России

Сайт: cspmz.ru

Почта: не указана

Вакансия опубликована 08.08.2024 в г. Москва.

Похожие вакансии

#

Не указана

Москва

Полный день

Подробное описание

25 ноября

#

Middle

Москва

Октябрьская

и еще 1 станция

Полный день

Подробное описание

21 июня

#

Москва

Тульская

и еще 1 станция

Полный день

Подробное описание

30 июня