Биоинформатик

Описание

Компания Plastilin занимается оптимизацией получения новых сортов сельскохозяйственных растений совместно с агрохолдингами. Мы делаем это за счет технологий генетического редактирования, анализа данных генотипирования и автоматизации процессов.

Своей основной целью мы ставим выведение новых линий и сортов растений, которые будут кратно превосходить имеющиеся в урожайности, питательной ценности, устойчивости к изменениям климата и патогенам. Одно из направлений работы – анализ генетической информации о сортах, ее связи с фенотипами, составление рекомендательных схем по ведению селекционного процесса и его автоматизации за счет создания собственной платформы.

Мы ищем в команду биоинформатика с опытом работы с биоинформатическими инструментами, заинтересованного в решении сложных задач в области геномной селекции растений

Обязанности

• Разработка и внедрение алгоритмов предсказания фенотипов по генотипам и результатов скрещиваний для самоопыляемых и перекрестно-опыляемых культур

• Поиск и внедрение новых алгоритмов поиска связи генотип-фенотип для сельскохозяйственных культур

• Анализ данных геномного секвенирования (WGS, GBS, ddRAD, SNPseq)

Требования к кандидату

• Владение Python, R, bash

• Опыт анализа NGS данных и написания пайплайнов, понимание принципов работы основных инструментов

• Опыт работы с серверами на базе Linux

• Знания в области геномной и маркер-ассоциированной селекции

• Знание статистики, молекулярной биологии, популяционной генетики

• Опыт проведения GWAS и интерпретации полученных результатов

• Понимание работы алгоритмов машинного обучения для анализа биологических данных

• Свободное владение английским языком для чтения научной литературы и технической документации (уровень B2 или выше)

Плюсом будет

• Опыт работы с облачными вычислениями (Yandex Cloud, Selectel, AWS ect.)

• Опыт работы с языками для масштабирования пайплайнов (Snakemake, CWL, Nextflow)

Условия:

• Гибкий график (20-40 часов в неделю), минимальная нагрузка по документообороту

• Офис в Москве, в районе метро Киевская/Фрунзенская

• Социальная защищенность - прозрачные условия трудоустройства, трудоустройство по ТК РФ, фиксированная белая зарплата