Биоинформатик

В лабораторию молекулярно-генетического мониторинга НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера требуется биоинформатик. Научно-исследовательская область лаборатории – молекулярная генетика и эпидемиология вирусов. Лаборатория оснащена всем необходимым оборудованием для проведения ПЦР-исследований и расшифровки геномов патогенных микроорганизмов и вирусов. Лаборатория участвует в выполнении грантов и международных проектов со странами Азии, Африки и Латинской Америки. Сотрудники лаборатории публикуются в высокорейтинговых журналах Scopus и WoS уровня Q1-Q2.

Чем предстоит заниматься:

• Обработка данных NGS;

• Разработка алгоритмов и сборка биоинформатических пайплайнов;

• Работа с БД, депонирование последовательностей;

• Поиск новых подходов анализа NGS-данных;

• Участие в написании статей

Необходимые навыки:

• Свободное владение Linux;

• Уверенное использование Python для задач, связанных с обработкой и визуализацией биологических данных;

• Написание и адаптация существующих shell-скриптов (bash, sh);

• Формализация биологических задач и поиск подходов к их решению;

• Разработка протоколов исследований, определение требований к входным данным, выбор критериев оценки качества результатов;

• Четкое понимание основных форматов представления биологических данных: FASTA, FASTQ, SAM, BAM, BED, VCF, PDB (и др.). Знание основных программ для их обработки (samtools, bedtools, vcftools, bcftools, picard-tools, SnpEff, SnpSift, GATK, FastQC и др.);

• Понимание основных платформ NGS, комбинирование получаемых данных для получения лучшего результата.

Желательные навыки:

• Дополнительные языки программирования (R, Perl);

• Навыки картирования и сборки данных секвенирования;

• Опыт работы с системами контроля версий (git);

• Приветствуется желание развиваться в научной сфере, в том числе в области изучения эволюции вирусов;

• Уровень английского языка (устный/письменный) - не ниже intermediate.
  
  Условия:

• Полная занятость;

• Работа в офисе, м. Горьковская;

• Дружный коллектив;

• Официальное оформление по ТК РФ;

• Испытательный срок - 3 месяца;

• Возможность заниматься научной работой, участвовать в образовательных программах и конференциях, в том числе международных, публиковать результаты научной деятельности;

• Профессиональный рост, возможность проходить международные стажировки